Сюжет Homeworld построен, как и водится в подобных играх, на противостоянии сил Добра и Зла. Где-то очень далеко-далеко и точно неизвестно когда (но уж точно в будущем), в центре одной из галактик находилась небольшая планета, населенная людьми. За несколько тысяч лет своей истории они освоили космос и установили дружеские и дипломатические отношения со всеми своими ближайшими соседями. Все было отлично и жизнь шла своим чередом. Ничего не предвещало беды и тем более реальной угрозы, даже тогда, когда с удаленных уголков этой галактики стали доходить до этой планеты слухи о том, что раса неизвестных существ стала захватывать мирные планеты и порабощать их жителей. Так как эти люди всегда были настроены мирно, они продолжали жить и ждать дальнейшего хода событий, уповая на то, что в нужный момент смогут договориться с пришельцами. Время шло и захватчики подбирались все ближе и ближе к центру галактики. Настроены они были весьма враждебно и решительно. В своих действиях они заходили так далеко, что порой просто уничтожали целиком мешавшую им планету вместе с ее населением. Наконец, космическая армада захватчиков вышла на внешнюю орбиту планеты, где жили мирные люди. Все попытки установить связь с пришельцами закончились полным провалом, а сопротивляться им не было ни сил, ни возможностей. Так как эта планетка была маленькой и ничего такого ценного на ней не было и в помине, перед пришельцами стал логичный вопрос - как с ней поступить? Сбросить мощную атомную бомбу и стереть ее с галактических карт как планету или захватить, потратив на это и время и силы? После непродолжительных раздумий захватчики пришли к мнению, что ее уничтожение вызовет нежелательный резонанс у всех остальных галактических рас и может привести к их объединению, и тогда уже им не избежать крупного космического сражения, в котором решающим фактором победы может стать любая случайность. Зачем рисковать, если все можно сделать тихо и без потерь?